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白明泽
来自:生物信息系 发布时间:2012年11月01日 22:02 发表人:admin

    

白明泽

个人简介:

白明泽博士主要从事生物信息大数据存储、分析和可视化方面的算法研究和软件工具开发,在过去10年间主持/主研国家自然科学基金委青年基金项目、国家国际科技合作项目、美国国立卫生研究院(NIH)大数据项目,完成了这些项目中的生物信息学各种组学数据的存储、分析以及可视化工作。主持国家自然科学基金一项(在研),主持完成重庆市教委项目一项,参与省部科研级项目5余项,已在国际权威期刊发表SCI检索论文5篇,第一作者2篇。

信地址: 重庆市 南岸区 崇文路2号, 重庆邮电大学, 400065

电话/传真: 023-62461438

电子邮件: baimz@cqupt.edu.cn

研究方向:组学大数据存储、分析与可视化、机器学习算法及其在生物医学中的应用

学术团体、兼职:无

教育背景:

1999年9月-2003年7月:重庆邮电大学信息与计算科学专业 理学学士;

2003年9月-2006年7月:重庆邮电大学计算机学院计算机应用专业 工学硕士;

2007年3月-2012年12月:电子科技大学计算机学院计算机软件与理论专业 工学博士;

科研项目

[1]主持国家自然科学基金青年项目“蛋白质组学大数据存储分析模型研究”;

[2]主研美国国立卫生研究院(NIH)大数据专项:BD2K Centers of Excellence for Big Data Computing(子课题,Omics Discovery Index)(1U54GM114833-01);

[3]主研科技部国家国际科技合作专项项目“蛋白质组信息学关键算法及分析系统研发”(子课题)

[4] 主持蛋白质组学国家重点实验室开放基金项目“串联质谱数据搜索引擎云平台并行方法研究”;

[5] 主持重邮博士启动基金项目“多核集群上的混合并行分子动力学算法研究”;

[6] 主研国家支撑计划项目 “生物技术与产业信息共享平台的设计和构建(编号2008BAI64B01) 子项目(iProX蛋白质组数据库建设前期规划建设工作);

[7] 主研国家自然科学基金NSAF联合基金项目“PBX炸药颗粒粉压制过程细观力学行为的数值模拟研究”(资助号U1330138);

[8] 主研国家自然科学基金项目 “激光诱导光化学反应的计算机模拟” (资助号 20773168,已结题);

[9] 主研重庆市自然科学基金项目“生物分子光化学反应的计算机模拟” (资助号 2006BB2367,已结题);

[10] 主研重庆市自然科学基金项目“PAP1/METTL9 基因在肺癌细胞中甲基化作用研究”(项目编号CSTC2009BB5419);

[11] 主研重庆市教委项目“生物大分子质谱分析的计算机模拟”,(资助号 KJ070506, 已结题)。

论文

[1]Mingze Bai*, Shixin Sun, Hong Tang, Yusheng Dou, Glenn V. Lo. “An SPMD-like algorithm for parallelization of molecular dynamics using OpenMP”,Computing in Science and Engineering, 2013, 04, 48 - 56.

[2]BAI, Ming-Ze;CHENG, Li; TANG, Hong; DOU, Yu-Sheng.Molecular Dynamics Simulation of the Laser-Induced Melting of an Al Nanofilm”.Acta Physico-chimica Sinica, 2010, 26(12), 3143-3149.

[3]M. Z. Bai, Y. S. Dou, H. Tang, S. X. Sun. Performance of LAMMPS code on Intel quad-core Xeon[C]. Proceedings of the 2009 Sixth IFIP International Conference on Network, 2009, 156-160. (EI:20100212619424)

[4]M. Z. Bai, L. Cheng, H. Tang, Y. S. Dou, S. X. Sun. A web-based visualization platform for photochemical reaction simulations[J]. Systemics and Informatics World Network, 2010, 10: 188-193.(国外期刊

[5]白明泽,程丽,豆育升,孙世新.基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化[J]. 计算机应用,2012, 32 (1): 163-166(中文核心

[6] 白明泽,赵文辉,豆育升,孙世新,温迪. MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用[J]. 计算机应用研究,2012, 29(5): 1772-1774. (中文核心

[7] Y. S. Dou, H. Tang,M. Z. Bai. Molecular calculations for HeH+with two-center correlated orbitals[J]. Science in China Series B: Chemistry, 2009, 52(12): 2249-2256. (SCI: 534SI)

[8] H. Tang, Y. S. Dou,M. Z. Bai. Molecular response to ultrashort laser pulses[J]. Computing in Science and Engineering, 2009, 11(3): 47-53. (SCI: 433RB)

[9] Y. S. Dou,M. Z. Bai, H. J. Li, H. Tang. Parallel computing in semiclassical dynamics simulation of photochemical reactions[C]. IEEE Proceedings of the 2008 IFIP International Conference on Network and Parallel Computing, 2008, 267-272.(EI: 20090111828789

[10] 李鸿健,白明泽,唐红,孙世新.混合并行技术在激光化学反应模拟中的应用[J]. 计算机应用,2010, 30(6): 1687-1689.(中文核心

[11]白明泽,谭军,舒坤贤.p53下游基因一致性序列研究[J],重庆邮电学院学报(自然科学版),2006, 18(4):544-547.

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